酒造りには食用の米のほか、酒造りに適した性質をもつ「酒造好適米」が主に使用されます。酒造好適米は、食用の米に比べて雑味を生じさせるたんぱく質の割合が低いうえに大粒で、麹菌の菌糸が中に伸びやすく、強い酵素力・糖化力がある麹ができます。また、中心部に白く不透明で発酵を行いやすい心白（しんぱく）と呼ばれる部分があります。

この酒造好適米の玄米の外側を削る作業が「精米」です。米が砕けないように慎重に削り落とし、洗練された味を引き出す準備をします。

適切な水分を吸水させた米は、米と水を同じ釜に入れて「炊く」のではなく、甑（こしき）で下から蒸気を発生させて「蒸す」ことで、麹による糖化作用を受けやすくします。蒸した米は適度な固さを保ち、表面がベタベタせず、食べるとプチプチとした歯ごたえがあります。この蒸し上がった米は冷却されて、ひとつは麹（こうじ）造りに使われ、もうひとつは「酒母造り」や「醪（もろみ）の仕込み」に使われます。冷却は自然冷却のほか、放冷機が使われる場合もあります。

1日目
蒸し上がった米を高温多湿の麹室（こうじむろ）に運び（引き込み）、床（とこ）と呼ばれる台に広げて水分を飛ばし、31℃前後に冷まして麹カビの種＝種麹（たねこうじ）を振りかけます（種付け）。その後、よくもんで布でくるんで保温し、麹菌（こうじきん）を繁殖させます。麹菌は30℃を下回ると繁殖力が弱まるため、室温は常に28〜30℃に保ったうえで、一晩寝かせます。その間、米の温度と水分を調整しながら米をまた広げ直し、米の塊を一粒ずつバラバラにする「切り返し」という作業を行います。なお、納豆には麹菌より強い繁殖力がある枯草菌が繁殖しており、柑橘類の皮には乳酸菌がいるため、仕込みの期間中、杜氏や蔵人は納豆やみかんを食べません。

2日目
朝、米の塊をほぐし、温度が上がりすぎないよう、小さな木箱に移します（盛り）。その後、数時間ごとに麹を薄く広げて水分を飛ばしながら、麹菌の繁殖が均一に進むように米をまぜる「仲仕事（なかしごと）」と麹をさらに広げる「仕舞仕事（しまいしごと）」を行います。

3日目
麹菌をふってから48〜65時間後、麹室から麹を出して「出麹部屋（でこうじべや）」に移し、広げて熱を取る「出麹」を行います。麹はカビの一種で、繁殖が進むと最初は栗を焼いたような匂いがし、次第にシメジやマツタケのような香りになります。こうしてできた麹は、「酒母（しゅぼ）造り」や「醪（もろみ）の仕込み」に用いられ、米のデンプン質を糖分に変える役割を果たします。

酒造りの主役である微生物「酵母（こうぼ）」を育てる工程です。小さなタンクに、仕込み水と酒母用の麹、酒母用の蒸米を入れて混ぜ合わせ、酵母と、酵母をほかの雑菌から守ってくれる乳酸を加えて適温に保ちます。するとタンクの中で麹が作り出した糖分を食べて酵母は仲間を増やしていきます。このように酵母を大量に増殖させたものが酒母です。

酒母は毎日混ぜながら少しずつ温度を上げて、12～14日ほどかけて完成します。最近は泡が発生しない「泡なし酵母」も生まれています。泡なし酵母は泡がない分、たくさん仕込めるというメリットがあります。

添仕込み（そえじこみ）
タンクに酒母を移し、そこに原料（麹・仕込み水・冷やした蒸し米）を加えます。これを「添仕込み」といいます。酒母をいきなり大きなタンクに移すと温度が下がって酵母が弱ってしまうので、この工程では酒母造りで使用したものより少しだけ大きめのタンクを使用します。そして、翌日は酵母の増殖をよくするために保温し、仕込みを休ませます。この作業は「踊り」とよばれます。

仲仕込み（なかじこみ）
3日目は、添仕込みで仕込まれた醪（もろみ）＝日本酒になる前の発酵中のものを本番仕込み用のタンクに移し、添仕込みよりやや多めの原料を加えます。醪は数時間経つと、蒸した米が水分を吸い、発酵をはじめた酵母が出す炭酸ガスでふくれるので、ガスを抜くために櫂（かい）を入れてよく混ぜる「荒櫂（あらがい）」を行います。この際、櫂棒で麹を潰さないようにやさしく櫂入れをします。

留仕込み（とめじこみ）
4日目に全体の原料の半分を加える「留仕込み」を行います。このように原料を一度に加えるのではなく、3回に分けて加えることを「三段仕込み」といいます。添仕込みは酵母を増殖させるために保温しながら行いますが、工程が進むにつれ、徐々に温度を下げて仕込みます。

三段仕込み後に醪の表情は日々変化し、麹が蒸米のデンプンを糖分に変え、酵母が糖分をアルコールに変えていきます。糖化と発酵が平行して進む「平行複発酵（へいこうふくはっこう）」と呼ばれる発酵は、ほかの酒にはない日本酒の大きな特徴です。こうして、温度管理に気を付けながら、20～40日間、発酵させます。

清潔に保たれた槽場（ふなば）＝搾り場で、搾りのタイミングを迎えた醪（もろみ）を搾り、酒と酒粕に分離させます。圧力をかけて搾るアコーディオンのような形の搾り機を用いるほか、醪を少しずつ布の袋につめて舟の形に似た槽とよばれる中に並べ、自然の圧力で搾る「ふなしぼり」という方法もあります。手間も時間もかかりますが圧力をかけないほうが醪にストレスがかからないため、なめらかで香りが高い日本酒が生まれます。また、醪を搾った搾りカスが「酒粕（さけかす）」です。こうして2ヶ月かけて日本酒が誕生します。

搾った酒にはまだ酵母や酵素が残っているので濾過（ろか）をし、殺菌と貯蔵中の品質劣化を防ぐために加熱（火入れ）を行って、出荷時の瓶詰めまで貯蔵します。